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Mapserver vs Geoserver

Performace
Mapserver es mucho superior en este aspecto, claro está que un binario escrito en C es mucho mejor que un programa que corre sobe una máquina virtual en cuanto a la utilización de recursos, mapserver es mejor en este aspecto en cuanto a consumo de CPU y memoria RAM.
Portabilidad
Por otro lado Geoserver es mucho más portable, o sea, podemos correrlo en windows, en mac o en linux sin mayores modificaciones.
Mantenibilidad
Otro punto importante es la mantenibilidad, obviamente aquí Geoserver saca una gran ventaja, debido a que tiene una interfaz muy buena (interfaz web) para manejar la configuración, siengo que en mapserver solo tenemos un archivo .map, un solo error en el archivo .map y ya no cargará.
Cantidad de instancias
Una instancia de geoserver no puede filtrar los mapas compartidos por WMS, por lo tanto hay que tener una instancia por cada filtro ( o filtrarlo desde mapserver), por lo tanto, aquí mapserver es claramente mejor, ya que en lugar de tener X instancias que consumen ram (como en geoserver) solo tenemos que cambiar en la URL el archivo .map y buala tenemos nuestra nueva instancia.
WFS
Ambos soportan WFS pero Geoserver soporta WFS-t (WFS transaccional), lo que significa que podemos modificar el mapa a travéz de un webservice, algo que si bien no deja de ser interesante creo que no es muy usado, la mayor parte de las veces se hacen las modificaciones directamente sobre postigs.
¿Cuando usar cual?
Se debe utilizar mapserver siempre que los recursos de (CPU, RAM, dinero para hostear las
aplicaciones) sean limitados, o cuando es necesario tener varias instancias de un mismo mapa para compartir los datos por WMS.
En cambio aconsejo utilizar Geoserver cuando no existen restricciones de presupuesto o bien, se cambiaran muchas cosas de seguido (mantenibilidad) o bien es prioritario el soporte para wfs-t.

Demo de Geoserver funcionando Jorgenio.com Geoserver.